truseq，TruSeq建库

#8203 scitChIPSeq 建库策略 Truseq library preparation method for lowinput and singlecell itChIP a， Overview of the design of mosaic Truseq library preparation for a sequencing using Illumina’s standard recipe T5 and T7 barcodes are introduced during barcoded Tn5。

LLUMINACLIPTruSeq3PEfa23010省掉了路径意思分别是TruSeq3PEfa是接头序列，2是比对时接头序列时所允许的最大错配数30指的是要求PE的两条read同时和PE的adapter序列比对，匹配度加起来超30%，那么就认为这对PE的read含有adapter，并在对应的位置需要进行切除注10和前面的30。

Trimmomatic是专为Illumina平台FASTQ序列设计的工具，能去除Adapter并修正质量值支持单末端SE和双末端PE测序数据，是数据质控的理想选择安装Trimmomatic可直接从官网下载jar包，或使用conda安装参数设定灵活，根据需求调整ILLUMINACLIP参数用于指定Adapter过滤标准，通过TruSeq3PEfa文件调整错配数。

现在我们就以illumina经典的 TruSeq Stranded mRNA 建库测序为例来走一遍整个illumina测序的流程，为什么会选择这个建库策略呢 首先，RNAseq是目前我们触手可及应用最广的基因表达量检测技术其次，相较之于链非特异性测序，链特异性测序对大多数人来说更复杂，更难以理解 关于链特异性测序我。

使用时，举例如下在single reads场景下和pairend reads场景下，可能需要调整参数以适应不同类型的测序数据务必根据实际测序数据的引物序列如TruSeq2或TruSeq3选择合适的参数，以确保数据处理的准确性尽管trimmomatic的参数复杂性可能让部分用户望而却步，但其强大的功能使其在数据预处理中占据一席。

and minAdapterLength further refine the filtering process These parameters control adapter trimming， seed search flexibility， minimum alignment scores， and palindrome mode specificsFor example， TruSeqfa230108false indicates using the TruSeq adapter file， allowing 2 mismatches in。